Třicetiletá válka znamenala v českých zemích úpadek hornictví, který zasáhl i Cínovec. Centrem protireformace bylo poutní místo Bohosudov, odkud jezuité obraceli okolní protestantské obyvatelstvo na katolickou víru. Na Cínovci, kde žil i krupský evangelický pastor, se protestantismus udržel ještě řadu desetiletí. Po ukončení třicetileté války se začala důrazně uplatňovat zásada jediného přípustného náboženství i na hornických pracovištích. V r. 1671 odešla z českého Cínovce první skupina evangelických havířů, ne ovšem daleko, jen za hraniční čáru, kde pod ochranou saského kurfiřta založila osadu Georgenfeld, později zvaný Starý Georgenfeld. Zbytky nekatolických havířů se udržely až do r. 1728, kdy český Cínovec opustilo na 800 lidí, kteří založili v Sasku Nový Georgenfeld a u Fojtovic osadu Gottgetreu.
Teprve od tohoto data je nutno rozlišovat těžbu v české a saské části žulové kopule. Do té doby, od počátku těžby na sklonku 14. století přes stanovení hraniční čáry v 16. století, je nutno chápat těžbu na Cínovci jako jeden celek. Jednak proto, že v oné době nelze důlní díla, pokud jsou vůbec známa, lokalizovat na českou a saskou stranu, jednak proto, že r. 1728 byla těžba na německé straně celkem neveliká.
Jen těžce se hojily rány třicetileté války, která postihla obě části Cínovce, zvláště ve svém závěru. Ve čtyřicátých letech, r. 1643, upevnili Lobkovicové svoje postavení v krajině koupí panství Libčeves, k němuž patřila i ves Košťany s rozsáhlým územím sahajícím až k údolí Horské Bystřice. Tím získali zázemí Cínovce a další rudonosné terény v Jezerním dole, na pravém břehu Horské Bystřice. Z té doby je zachován urbář nového lobkovického panství. Je datován r. 1664 a všímá se také „horního městečka Horní a Dolní Cínovec. Obsahuje ustanovení, že veškerá ruda, která se na Cínovci na lobkovickém území vytěží, musí být zhutňována v panské huti. Za každý centýř o 104 librách byla stanovena dávka 1 zlatý 18 krejcarů a 4 denáry. Za hospodaření se struskami odpovídal rychtář a horní přísežní. Rychtářem byl Johann Zechel, jak jméno ukazuje, ze starousedlé krupské rodiny. Povinností vrchnosti bylo udržovat v pořádku huť. Dříví bylo dodáváno havířům výhradně z vrchnostenských lesů v ceně 30 krejcarů za sáh. Jako poslední jsou v urbáři uváděna ustanovení o údržbě dědičné štoly, není však uvedena bližším jménem a není ani lokalizována.
Těžba v obou částech Cínovce se jen pomalu zvedala. Město Krupka, které bylo v ostrém rozporu se svou vrchností, a to s rodinou Šternberků i s jejími nástupci Clary-Aldringeny, nemělo peníze na drahé otvírkové práce. Na krupském území se prakticky nepracovalo. Clary-Aldringenové, kteří drželi Krupku od r. 1710, se neustále snažili zmocnit se jejího důlního majetku. Zadlužená Krupka nakonec podlehla. Smlouvou ze dne 26. února 1731 přechází krupská část Cínovce na Clary-Aldringeny. Tím se třetími podílníky na Cínovci stává tato cizí, pobělohorská šlechta. Majetkový stav, to je rozdělení české části mezi ně a Lobkovice, zůstává pak beze změny až do poloviny 19. století.
V r. 1720 vymřela bílinská větev Lobkoviců, které Cínovec patřil. Dědicem se stal Filip Hyacinth z Lobkovic (1680—1734) z roudnické větve. I když majetkový přesun se udál v rámci širší rodiny, došlo ke změně v režimu správy na panství. Filip Hyacinth zřejmě chtěl pozvednout dolování na Cínovci na vyšší úroveň. Z jeho doby se zachoval v archívních materiálech Lobkoviců roudnický text horního řádu pro Cínovec. V literatuře zpracovávající české hornictví, se vždy mluví jen o horních řádech pro Krupku (zlomky z r. 1466 a řád z r. 1487), ale o horním řádu jen pro Cínovec se zatím nemluvilo.
V saské části Cínovce byl ve studovaném období nastolen a uveden v život tzv. Direktionssystem, který ponechával soukromému těžaři povinnost financovat těžbu, aniž ji mohl řídit. Řízení prováděl stát se svými úředníky. V Sasku se tento systém osvědčoval. Příchod protestantských horníků do Saska znamenal přínos pro saské hornické podnikání. V druhé polovině 18. století pracovali saští horníci na plochých žilách, jež však mají na severní straně ložiska jen velmi malé zapadání, a to směrem na severovýchod. V západním směru brzy narazili na celistvé greisenové pně, jež dobývali komorovým způsobem, takže se postupem doby vytvořily obrovské vyrubané prostory. Na saské straně jsou známy: Schwarzwänder Weitung, Reichtroster Weitung a třetí saský peň, který nemá jména. Greisenový peň byl dobýván i na české straně těsně za hranicí, v okolí historické jámy Petr. Nebyl osamocen, ale dobývání pňů na české straně nikdy nepřevýšilo dobývání na plochých žilách. Když se v polovině 18. století zkonsolidovaly poměry, výroba se na obou stranách kolem r. 1750 vyrovnala; saská část dávala 500 až 600 centnýřů ročně, lobkovický podíl činil 300 — 400 centnýřů, claryovský byl nejmenší, pohyboval se kolem 200 centnýřů. Přitom tato čísla můžeme v zásadě považovat za spolehlivá; jiný zpracovatel, o 70 let mladší (Preidt 1935) udává pro léta 1750 – 1759 výrobu 560 centnýřů. Počet osazenstva saské části kolísal v 18. století kolem jednoho sta mužů.
