Není divu, že po okupaci českého pohraničí se říšskoněmecké báňské úřady vrhly na daleko bohatší českou část Cínovce jako na vítanou kořist. Zájem o vlastní saskou část upadl a do konce války se zde prakticky nic nedělo, s výjimkou udržovacích prací na odvodňovacích štolách. Veškerý zájem se obrátil na českou část Cínovce.
Říšské ministerstvo hospodářství se dopisem ze dne 20. ledna 1939 obrátilo na těžířstvo Zinnwalder Bergbau se sídlem v Altenbergu, aby rozšířilo svou rudnou základnu o českou část Cínovce a o Krupku. Již v dubnu 1939 jednali Altenberští s lobkovickým horním ředitelstvím o pronájem. V jednom ze svých návrhů píše vedení Zinnwalder Bergbau, že od rychlého spojení obou částí Cínovce závisí ozdravění cínoveckého dolování. Podle plánu z ledna 1939 měly se nejdříve provést tři etapy: 1. spojení obou částí, 2. zjištění rozsahu ložiska na české straně, 3. prozkoumání nejbližšího okolí věncem hlubinných vrtů. Poněvadž lobkovickou úpravnu na Cínovci označili němečtí odborníci za „muzeální exemplář“, říšské ministerstvo hospodářství nařídilo upravovat cínovecké rudy ve městě Schwarzwasser. Přesto rekonstrukce lobkovické úpravny byla dokončena už v červnu 1939 a v srpnu začal pracovat první a od března 1940 druhý mlýn. Rekonstruovaná lobkovická zařízení měla výkon 50 t zpracované rubaniny ve dvousměnném provoze. Tak tomu bylo až do roku 1942, než byla dokončena nová úpravna. Po stránce majetkoprávní šli nacisté bezohledně za svým cílem. Zatímco r. 1939 ještě mluvili o pronájmu lobkovické části Cínovce, takže se měla opakovat situace z I. světové války, r. 1940 uvalují komisařskou správu na veškerý lobkovický majetek, čímž ho prakticky zabavují ve prospěch Říše.
Již 13. června 1940 počíná pražská stavební firma Pittel a Brausewetter se stavbou nové úpravny, dokončené za necelé dva roky. Byla zařízena na dvojsměnný ¡provoz, přičemž měla mít výkon 150 až 200 t, minimální obsah kovu v rubanině byl stanoven na 0,3 % až 0,5 % Sn + WO3, zaručený obsah koncentrátu byl 35 % až 45 % Sn + WO3. Strojové zařízení vyrobila firma Krupp. Za války pracovalo na sjednoceném Cínovci průměrně 600 lidí, z nichž opět četní zajatci, Rusové, Francouzi, po vystoupení Itálie z války v září 1943 také Italové. Totálně byl na Cínovci nasazen i nepříliš velký počet Čechů. Jako zvláštnost zde pracovali v letech 1940-41 svobodní belgičtí dělníci. Báňskou správu tvořilo 22 dozorců a úředníků. Vyrobené smíšené koncentráty se zasílaly do Goslaru firmě Bochors, další firma Starck-Ocker je louhovala a vyloužené kaly se zpracovávaly ve Freibergu. Celkové německé investice do důlního a povrchového zařízení činily do roku 1942 1 072 230 RM. Válka nutila vedení těžířstva Zinnwalder Bergbau k průzkumu a těžbě především v dosavadním dole. „Militärschacht“ se prohloubila a byla vyražena další dvě patra. Rozsáhlejší průzkum bližšího okolí ložiska proveden nebyl, vrty se lokalizovaly hlavně v jižní části žulové kopule, avšak jen na sever od vodního předělu (854 m n.m.) s cílem zjistit průběh plochých žil v hloubce 150 až 200 m.
V r. 1942 říšské ministerstvo hospodářství znovu důrazně vyžadovalo zvýšit těžbu Li-slíd. Teprve od r. 1943 se datuje zájem o širší okolí, v r. 1943 a 1944 byla nasazena geofyzika. První měření považovali němečtí odborníci za zcela neúspěšné, v dalším roce provedli měření tíhových anomálií. Ze závěrečné zprávy vyplývá, že tíhová anomálie v místech „Militärschacht“ je tak neprůkazná, že další zjištěná anomálie na kótě „U mrtvého dítěte“, severovýchodně od bývalého závodu Cínovec 2, je v důsledku toho rovněž ložiskově bezcenná.
Říšskoněmecké materiály bez uvedení podrobnějších údajů pouze konstatují, že těžířstvo Zinnwalder Bergbau nalezlo v terénu jihovýchodně od Cínovce, na kopci Loupežný (Raubschloss), malé zrudněné cínové těleso. Podle rozpočtu na rok 1943 se mělo v tomto tělese vyrazit celkem 200 m sledných chodeb směrem na východ a západ ze středu tělesa. Od července 1943 měsíčně 25 m, od dubna do září 1944 měsíčně 50 m. Tento projekt byl sice započat, nebyl však dokončen.
Je zajímavé, že v říšskoněmeckých materiálech není zmínky o projektu podzemní úpravny v místech bývalého závodu Cínovec 2. V r. 1944 bylo započato s hloubením jámy, ale válečné události byly rychlejší, takže německé vedení ještě před koncem války práce na tomto projektu přerušilo. Ke skutečnému vědeckému zhodnocení cínoveckého důlního pole, a to především jeho české části, se němečtí odborníci dostali až v posledních dnech války. Je to práce dr. G. Fischera, datovaná 26. dubna 1945, s názvem: „Zpráva k otázce severozápadního pokračování cínoveckého žulového masívu.“
Nejzávažnější prací, rovněž ze sklonku války, je práce zadaná Vrchním horním úřadem ve Freibergu, která nese datum 22. března 1945. Jejími autory jsou dipl. ing. Reeh a dr. ing. Oelsner. Její název v překladu zní: „Možnosti rozšíření rudné základny v prostoru závodního oddělení Militärschacht, Cínovec, společnosti Sachsenerz ve Freibergu na základě geologicko-tektonického rozboru.“ Tato práce je první moderní vědeckou prací o cínoveckém ložisku, především pro důkladnou analýzu tektonických prvků a jejich vlivu na zrudnění.
V polovině roku 1944 provedlo říšské ministerstvo hospodářství ještě jeden majetkoprávní tah. Nařídilo organizační sjednocení všech rudných těžířstev na české i saské straně Krušnohoří pod jménem jedné z původních společností. Nová firma měla statut akciové společnosti a nesla jméno Sachsenerz AG. Sjednocení bylo provedeno ke dni 22. září 1944, sídlo společnosti bylo ve Freibergu, tedy na půdě Německa v hranicích z r. 1937. Tak byla veškerá ložiska i na české straně Krušnohoří zahrnuta pod jedinou saskou firmu. Od března 1945 vedení pobočky akciové společnosti Sachsenerz v Altenbergu již počítalo s tím, že po porážce nacistického Německa se vrátí česká část Cínovce opět k Československu, a proto dalo pokyn odvážet z cínovecké šachty veškerý mapový a archívní materiál. Tím došlo k nenahraditelné ztrátě mnohých historických map, které komisařská správa lobkovického majetku předala vedení těžířstva Zinnwalder Bergbau v Altenbergu v r. 1940. Cínovec zůstal ušetřen všech válečných událostí, nebyl bombardován a ani v průběhu posledních dní války nedošlo na Cínovci k bojům. Pronikající jednotky maršála Koněva, který z prostoru Drážďan prováděl obchvatnou operaci k záchraně bojující Prahy, nenalezly na Cínovci žádný odpor.
