Již roku 1510 u příležitosti sněmu svolaného do Hory, byli vyzváni všichni, kteří měli vztah k báňskému podnikání, aby podali své návrhy na úpravu poměrů králi. Těžaři si stěžovali, že báňská správa zavinila nedostatek jakostních rud ze stříbrných hor; obviněná správa a zástupci města uváděli, že příčinou toho je nedostatek podnikatelského kapitálu, který měli poskytnout nekutnohorští měšťané, zahraniční zájemci nebo královská pokladna. Správa města i dolů doporučovaly zákaz vývozu stříbronosné mědi, zdůrazňovaly povinné odvádění stříbra do mincovny, žádaly, aby rudokupci byli zakládáni penězi, aby všem bylo stejně placeno za stříbro a byli donuceni k veřejné koupi rudy za ceny řádem předepsané, vyhražovaly si projednávání báňských sporů v Hoře před králem nebo nejvyšším mincmistrem a konečně žádaly o ochranu před vydíráním kolínských židů. Král vyslal příštího roku do Hory komisi, jež měla vyšetřit všechny nedostatky a městské správě doporučil, aby nedělala potíže Němcům, kteří se chtěli stěhovat do města, neboť není prý možno přihlížet ani k národnosti ani k náboženství, „nebo toto město… lidi potřebuje množství z rozličných zemi a jazyků”.
Roku 1514 došlo k soupisu králových dluhů, jež činily 208 910 kop, jež měly být úrokovány a umořovány z výnosu kutnohorského podnikání. Toto břemeno, zvyšované ještě dalšími požadavky na pokladnu mince, se stalo předmětem jednání několika zemských sněmů a komisí. Hlavní otázkou bylo, jak povznést dolování, neboť bohatí těžaři nechtěli do podnikání nic investovat a drobní těžaři měli jen podpory, vyplácené královskou pokladnou. R. 1521 vyslal král do Hory zvláštní komisi, jež měla projednat se zástupci města, báňským úřadem a těžaři o tom, jak odstranit potíže, které brzdily zdárný rozvoj dolů. Jednání, jak se zdá, nemělo žádný kladný výsledek, neboť poměry se nezlepšily.
Roku 1526 zemřel král Ludvik a nastoupil Ferdinand I. Nový král hned od počátku své vlády se snažil o upevnění panovnické moci a zvýšení královských důchodů. Poněvadž panští velkostatkáři představovali důležitou hospodářskou a politickou moc v zemi, neodvážil se proti ni nějak důrazně vystoupit, ale zato omezoval při každé vhodné příležitosti moc měst, zvláště po nezdařeném povstání r. 1547. V báňském podnikání viděl důležitý zdroj příjmů, a proto uplatňoval důsledně práva regálního pána, ale současně se pokusil uspokojit zájmy stavovských pozemkových majitelů tzv. Narovnáním z r. 1534, v němž se vzdal určité části práv regálního pána ve prospěch stavovských pozemkových majitelů. Pokud pak z doby Jagelovců existovaly smlouvy, čili lénšafty, podle nichž byla přiznána některým členům panského stavu větší práva než jaká jim příslušela podle Narovnání, snažil se je zrušit. V tomto směru použil nezdařeného povstání z r. 1547 i proti mocným šlechticům jako byli Šlikové a Pflugové a zbavil je jejich báňského majetku. Stará báňská města, jako byla Kutná Hora, která měla podle Václavova horního řádu značnou pravomoc v báňských záležitostech, byla Ferdinandem této pravomoci prakticky zbavena. Některé podnikatelské formy, které umožňovaly měšťanům hospodářské ovládnutí dolů, jako výkup rud erckauféry, nový král zrušil a celou důlní a hutní správu převzal prakticky do svých rukou prostřednictvím úřednického aparátu, závislého na královské komoře. To ovšem nemohlo být provedeno okamžitě, nýbrž postupně.
Komorní rada, kterou král ustanovil pro správu komorních důchodů, vyzvala již r. 1527 kutnohorské šepmistry, aby vyslali do Prahy na poradu o důlním podnikání odborníky, a to jak z městské správy, tak z jednotlivých pořádků a jako zástupce horního úřadu byl povolán hofmistr. K vyšetření stavu kutnohorského dolování byla jmenována zvláštní komise, která předložila svou zprávu až r. 1530. Komise doporučila snížení nákladů na dřevo, uhlí, světlo a koně, navrhovala spojení úřadů hofmistrovského s mincmistrovským, žádala povinné odvádění hutních meziproduktů a vypracování jakýchsi rozpočtů na jednotlivé cechy podle dohody s perkmistry. Dále doporučili komisaři pečlivě vybírat nové úředníky, odstranit nepořádky při výkupu rud a nevyplácet podpory těm těžařům, kteří nechali své doly zatopit.
Dolování bylo v třicátých letech skutečně ve stavu velmi žalostném. Oselské doly byla stará důlní díla, rozdělená mezi množství těžařů a lénhavířů. Opustil-li jeden těžař svůj díl, ohrožoval tím často celý důl. Bylo proto třeba, aby opuštěnou čelbu převzal vždy někdo jiný. Poněvadž nebylo zájemců, připadl tento nevděčný úkol zpravidla královské báňské správě, která však trpěla chronickým nedostatkem provozovacího kapitálu. To odnášelo dělnictvo, kterému nebyla v takových případech vyplácena mzda; proto práci opouštěli a mnozí vstupovali do vojenských jednotek, verbovaných proti Turkům. „Vody vzhůru vystupují, perkové se v dolích nechávají, větrové se nerychtují, koštové na krále J. M. veliké jdou, ježto bude-li tak, dlouho mince nepostačí”; to jsou stížnosti, jež se opakují téměř v každém přípise komoře. Nouze o peníze v pokladně mince byla taková, že se musel hofmistr a urburéř skrývat před dělnictvem, jemuž nebyla vyplácena mzda.
Za jediné východisko z obtížné situace pokládali královy rádcové opuštění hlavních oselských dolů, Osla a Hutrejtéřů. Tento návrh z r. 1532 vzbudil odpor u zástupců města a došlo k dlouhému vyjednávání. Současně vyšel z králova okolí podnět, zda by nebylo výhodné, pronajat doly Fuggerům; začalo se uvažovat i o reformě báňského řádu. Do sporu o opuštění oselských dolů zasáhl r. 1533 zemský sněm, který se postavil na stranu města proti králi a komoře. To donutilo krále a komoru k ústupu, a otázka oselská byla odložena na vhodnější dobu. Napětí mezi králem a městem, které odmítlo již r. 1528 přispět finančně na pomoc proti Turkům s poukazem na účast v báňském podnikání, se přiostřilo, když byl r. 1532 jmenován nejvyšším mincmistrem Albrecht z Guttenštejna. Ten zahájil otevřený boj proti městské správě a r. 1538 dosáhl toho, že konšelé nemuseli být obnovováni podle návrhu odstupujících, nýbrž král anebo nejvyšší mincmistr mohl obnovovat radu podle svého uvážení a nepřihlížet k návrhům konšelů.
Aby byl zjištěn pokud možno objektivně stav kutnohorského dolování, vyslal král r. 1537 do Hory komisi báňských odborníků z Annaberku, Jáchymova, Krumlova a Stříbrných Hor. Ta shledala hlavní závady v tom, že v revíru pracovali převážně finančně slabí těžaři, podpora královské pokladny byla nedostatečná, báňští úředníci neschopní a bohatým těžařům bylo nadržováno na úkor chudých lénhavířů. Tato prohlídka odborníků byla r. 1540 doplněna šetřením stavovské komise, jež revidovala finanční hospodaření mincovny v období 1536 – 39. Revize shledala řadu závad, které však nebyly odstraněny. Ke všem těmto potížím přistoupili ještě spory mezi báňskými a mincovními úředníky.
